В 1992 году была организована кафедра интернатуры для педиатров, преобразовавшаяся в дальнейшем в кафедру детских болезней. Со дня основания  до сентября 2008 г. кафедру возглавляла  доктор медицинских наук, профессор Мажитова Зайра Хамитовна.

Мажитова З.Х. – первый заведующий кафедрой, в течение 5-ти лет являлась проректором по научной работе, а затем Советником ректора КазНМУ по науке.  Мажитова З.Х. пользовалась огромным авторитетом среди научной и педагогической общественности Казахстана,  была  членом Интернациональной   Академии медицинского образования (Гамбург), Международного общества педиатров, Общества педиатров Тюркоязычных стран, Азиатской и Тихоокеанской Ассоциации гастроэнтерологов,  Европейского респираторного общества, а так же членом редколлегии журнала «Педиатрия и детская хирургия Казахстана».  Профессор З.Х.Мажитова – автор более 300 научных статей, тезисов, 26 предпатентов на изобретение, 3-х учебных пособий, 2-х монографий, Атласа клинико-морфологических синдромов и болезней у детей при загрязнении  окружающей среды. Под руководством Мажитовой З.Х.  защищено 4 докторских и 26 кандидатских диссертаций. Её ученики трудятся в медицинских учреждениях Казахстана, России, Люксембурга, Германии. Благодаря сотрудничеству и поддержке различных медицинских специалистов из Японии, Швеции, Германии,  Италии, Люксембурга и России  выполнено  16 научно-технических программ и проектов.  На кафедре было создано новое направление в  медицине Казахстана – экологическая педиатрия, что послужило основой развития многих направлений – генетики, пульмонологии, гематологии, гастроэнтерологии, эндокринологии, дерматологии, нефрологии и других. Сотрудники кафедры активно участвовали в работе различных   международных форумов, научно-практических конференций по актуальным проблемам педиатрии. Главный  результат научно-практической деятельности кафедры детских болезней №1  — выполнение Научно-технической программы по гранту Международного Научно-технического центра (МНТЦ) «Определение реальной химической и   радиационной  нагрузки на организм детей, проживающих в экологически неблагополучном регионе Казахстана» (2003-2005 г.г.). Итогом НТП были публикация монографии «Экологически зависимые заболевания у детей» и Атласа клинико-морфологических синдромов и болезней у детей при загрязнении  окружающей среды,  под  редакцией З.Х.Мажитовой.

В процессе реформирования высшего образования в 1996 году к кафедре был присоединена кафедра пропедевтики детских болезней.

Лебедева Валентина Андреевна – доктор медицинских наук, профессор,  в течение 20-ти лет (1968-1989 г.г.) возглавляла  кафедру пропедевтики детских болезней, которая  была создана в 1952 году. Кафедра пропедевтики детских болезней в 1995 году  была присоединена к кафедре детских болезней. Лебедева В.А. — заслуженный деятель науки Каз ССР, лауреат Госпремии КазССР,  основатель детской аллергологии  Казахстана.  Под её руководством  было защищено 20 кандидатских диссертаций.

С 1989 по 1996 год кафедрой пропедевтики детских болезней руководила ученица В.А.Лебедовой д.м.н., профессор Имамбаева Т.М. Профессор Имамбаева Т.М. с 2008 по 2012 год работала  деканом педиатрического факультета. В настоящее время – профессор кафедры детских болезней №2 КазНМУ.

С 2008 по 2011 год кафедру возглавляла доктор медицинских наук, ученица профессора З.Х.Мажитовой — Сарсенбаева С.С.

С 2011 по 2017 учебного года заведующей кафедрой является доктор медицинских наук Орынбасарова Камила Калаубаевна — ученица академика Исаевой Л.А. (Первый Московский медицинский Университет им. И.М. Сеченова) и профессора З.Х. Мажитовой.   Автор 106 статей и тезисов, 4-х учебно-методических рекомендаций для врачей, соавтором учебных пособий «Кардиология детского возраста», «Острые пневмонии у детей», Справочника «Лечение болезней у детей», учебника по пропедевтике детских болезней на казахском языке, монографий по экологической педиатрии, Атласа клинико-морфологических синдромов и болезней у детей при загрязнении окружающей среды.

В настоящее время  на кафедре  трудится 24 человек профессорско-преподавательского и вспомогательного состава, из которых  2 доктора медицинских наук: Ташенова Г.Т, Орынбасарова К. К,  4 доцентов – Нургалиева Ж. Ж, Досым С.М, Исмаилова Д.Б, Асламбекова Н.А., ассистент, кандидат медицинских наук Сагидуллина Л.С., ассистенты – магистры медицинских наук — Сагимова Р.Ш, Ахметова Л.М, Күкембай У.К, , Оразбаев Ж.А, ассистенты — Демеубаева Д. М, Новрузова Н.Б, Бокетова Б.Н, Дусанова А.К, Есимова Н.К, Баякова К.Т, Толганбаева А.А, Аманжолов Т.А, Джаксыбаева И.С, Исаева Н.Д, Жетписбаева Н.К, Нурмаханова А.С., Сакуова Г.Н.

 Сотрудники кафедры в различные годы оказывали большую практическую и научно-методическую помощь органам здравоохранения  на клинических базах кафедры —    ДГКБ №2, РКДБ «Аксай». В настоящее время обучение студентов ведется на базе ДГКБ №2 и РКДБ «Аксай». Сотрудники кафедры ведет лечебно-консультативную работу ДГКБ №2, УК «Аксай», ГП №8.

Сотрудники кафедры активно участвует в методической и образовательной работе врачей Республики Казахстан. Д.м.н. Орынбасарова К.К. — автор 6 клинических протоколов, 2013-2014 гг – Председатель Рабочей группы по разработке клинических протоколов по педиатрии.

Кафедра осуществляет практическую и образовательную помощь сотрудникам городских поликлиник (№8, № 22, №31), где организуются консультативные приемы больных и тематические семинары.   Преподаватели кафедры организуют по плану больницы тематические научно-практические конференции для врачей, проводят патолого-анатомические конференции на клинических базах кафедры.

Достижения кафедры по научно-исследовательской работе за 5  последних лет:

—  издание учебных пособий для студентов и врачей:

«Балалар аурулары пропедевтикасы» //Шаким Г.А., Орынбасарова К.К. и др.– Алматы, «Эверо», 2014 – 312 бет.;

«Острые пневмонии у детей» //Жерносек В.Ф., Орынбасарова К.К., Батырханов Ш.К. – БелМАПО, Минск, 2013 – 52с.;

«Анемии у детей. Клиника, диагностика и современные подходы в лечении» //Орынбасарова К.К. – Алматы, 2012 – 36с.

— Справочника «Лечение болезней у детей» //Жерносек В.Ф., Орынбасарова К.К. и др. – Изд-во «Адукацыя и выхаванне», Минск – 272с.

В соответствии с принципами Болонского процесса, кафедра в рамках учебной программы  и профилю курируемых отделений проводила мастер-классы визитинг-профессоров: профессора кафедры детских болезней Первого Московского медицинского университета им. И.М. Сеченова  Головановой Н.Ю. по детской ревматологии;  профессора медицинского факультета Новосибирского Государственного университета, обладателя «Золотой медали» Сибирской АМН, Денисова М.Ю. по гастроэнтерологии; профессора кафедры детской гематологии и онкологии БелМАПО Козарезовой Т.И; зав.кафедрой поликлинической педиатрии БелМАПО  Жерносек В.Ф.по избранным вопросам педиатрии.