1957 жылы 50 төсектік орынға арналған клиникалық базада Алматы мемлекеттік медицина институтының балалар хирургиясы кафедрасы ұйымдастырылды. Кафедраның бірінші меңгерушісі болып медицина ғылымының кандидаты, доцент Черкасова Евдокия Давыдовна тағайындалды. Қазіргі уақытта кафедраның клиникалық базасы ҚазҰМУ «Ақсай» клиникасында орналасқан.
1968 жылы Е.Д.Черкасова құрметпен еңбек сіңірген демалысқа шығады. Сол жылдан бастап 2011 жылға дейін кафедра меңгерушісі қызметін академик К.С.Ормантаев атқарды. 2012 жылдан бастап кафедра меңгерушісі болып профессор Ормантаев А.К. тағайындалды.
ҚазҰМУ балалар хирургиясы кафедрасының жұмыс істеген жылдары балалар хирургиясы көптеген ғылыми жетістіктерге жетті, бірінші кезекте травматологиядан, нейротравматологиядан, торакальді хирургиядан, комбустиологиядан, анестезиология мен реаниматологиядан. Академик К.С.Ормантаевтың басшылығымен 16 докторлық, 120 кандидаттық диссертация қорғалып шықты.
Бүгінгі күні кафедрада жоғары маманданған қызметкерлер жұмыс жасайды: ҰҒА академигі, ғылымға еңбегі сіңген, м.ғ.д., профессор К.С.Ормантаев, профессорлар: А.К.Ормантаев, Тұрсынов Қ.Т., Ойнарбаева Э.А., Сепбаева А.Д., Момынқұлов А.О., Хван Ю.М., доценттер Сұлтанқұлова Г.Т., Д.У. Смагулова, ассистенттер Ж.М.Турлекиева, Мусаева А.А., Керей И.
Кафедра қызметкерлерімен 1000 ғылыми жұмыс, оның 9 тарауы балалар хирургиясынан союзды басшылықта және 13 монография жарық көрді.
Бала хирургының күнделікті қолданатын кітабының бірі К.С.Ормантаевтың және басқа авторлармен бірігіп жазған еңбектері: «Балалардың ми шайқалуы», «Балалардың екі жақты созылмалы іріңді қабыну аурулары», «Балалардың зәр-тас аурулары», «Балалар жарақаты», «Балалардың остеомиелиті кезінде сүйек ішілік каналын жуу», «Балалардың Профессор К.К.Кожаханов қазақ тілінде монография жазған: «Балалардың хирургиялық іріңді аурулары» (Алматы, 1992 ж), «Балалардың жедел хирургиялық ауруларының диагностикасы мен емі» (Алматы, 1995 ж)
Профессор С.Ешмұхамбетұлы жазған монографиялары: «Балалардың созылмалы циститі» (Алматы, 1983 ж), «Хирургиялық аурулардың күтімі» (Алматы, 1993 ж), «Балалар урологиясы» (Алматы, 1993 ж), «Балалар урологиясы» басылымындағы «Балалардың циститі» тарауы (Москва, 1986 ж), «Қазақстанда балалар хирургиясының даму тарихы» (Алматы, 1998 ж).
Кафедра қызметкерлерімен практикаға түрлі этиологиялы перитонит және ауыр жарақаттар, өңештің химиялық күйігі, туа біткен даму ақаулары кезіндегі оперативті көмектің жаңа әдістері енгізілген. 90 астам патенттері бар.
1999 жылы бала жасына байланысты травматология мен ортопедиядағы диагностика мен емінің жаңа әдістерін енгізгені үшін біздің кафедра қызметкерлеріне /академик К.С.Ормантаев, профессор Т.А.Жұмабеков, профессор Қ..Қ. Қожаханов, профессор А.Е.Ерекешов, профессор А.К.Карабеков ғылым ауданында ҚР Мемлекеттік премиясы берілді.
Жыл сайын кафедра қызметкерлері ұйымдастыратын студенттердің балалар хирургиясынан ғылыми үйірмесі осы күнге дейін дәстүр болып қалыптасқан. Москва, Ленинград, Минск, Рига, Таллин, Кишинев, Киев, Ташкент, Тбилиси, Алматы, Баку, Бишкек қалаларында өткен ғылыми конференцияларда үйірмеге қатысушылар баяндама жасап, түрлі орындарға ие болған. I, II дәрежелі орындарды иелену жағынан балалар хирургиясы кафедрасы тек біздің мемлекетке емес, басқа да шетелдерде де белгілі. Жас мамандардың өсіп жетілуіне қарап, келешекте Қазақстанда балалар хирургиясының болашағы үлкен жетістіктерге жете алады деп айтуға болады.