1992 жылы Педиатрларға арналған интернатура  кафедрасы ұйымдастырылды, ол балалар аурулары кафедрасы болды. Құрылған күннен бастап 2008 жылдың қыркүйегіне дейін кафедраны медицина ғылымдарының докторы, профессор Заира Хамитқызы басқарды. Мажитова З.Х. – кафедраның бірінші меңгерушісі, 5 жыл бойы ғылыми жұмыс жөніндегі проректор, кейін ҚазҰМУ ректорының ғылым жөніндегі кеңесшісі болды. Мажитова З.Х. Қазақстанның ғылыми-педагогикалық қоғамдастығында үлкен беделге ие болды, Халықаралық Медициналық Білім Академиясының (Гамбург), Халықаралық Педиатрлар Қоғамының, Түркітілдес елдердің педиатрлар қоғамының, Азия және Тынық мұхит ассоциациясының гастроэнтерологтар қауымдастығының, Еуропалық тыныс алу қоғамының мүшесі, сондай-ақ, Қазақстанның педиатрия және балалар хирургиясы журналы редакциялық кеңесінің мүшесі болды. Профессор З.Х.Мажитова – 300-ден астам ғылыми мақалалардың, тезистердің, 26 өнертапқышқа, 3 оқу-әдістемелік нұсқауларға, 2 монографияға, қоршаған ортаның ластануы бар балалардағы клиникалық-морфологиялық синдромдар мен ауруларға арналған Атластың авторы. Мажитова З.Х. жетекшілігімен. төрт докторлық және 26 кандидаттық диссертация қорғалды. Оның студенттері Қазақстан, Ресей, Люксембург, Германиядағы медициналық мекемелерде жұмыс істейді. Жапониядан, Швециядан, Германиядан, Италиядан, Люксембургтан және Ресейден келген әртүрлі медициналық мамандардың ынтымақтастығы мен қолдауының арқасында 16 ғылыми-техникалық бағдарламалар мен жобалар жүзеге асырылды. Кафедрада көптеген бағыттарды – генетика, пульмонология, гематология, гастроэнтерология, эндокринология, дерматология, нефрология және басқаларын дамыту үшін негіз болатын Қазақстан медицинасында жаңа бағыт – экологиялық педиатрия құрылды. Кафедра қызметкерлері педиатрияның өзекті мәселелері бойынша түрлі халықаралық форумдар мен ғылыми-практикалық конференцияларға белсенді қатысты.   №1 балалар аурулары кафедрасының ғылыми-практикалық қызметінің негізгі нәтижесі «Қазақстанның экологиялық жағынан қолайсыз аймағында тұратын балалардың ағзасына нақты химиялық және радиациялық жүктемені анықтау» Халықаралық ғылыми-техникалық орталығының (ХҒТО) грантына арналған ғылыми-техникалық бағдарламаны жүзеге асыру болып табылады (2003-2005 жж).   З.Х. Мәжитова редакциялаған «Балаларда экологиялық тұрғыдан тәуелді аурулар» монографиясы және қоршаған ортаның ластануы бар балалардағы клиникалық-морфологиялық синдромдар мен аурулар атласы жарық көрді.

Жоғары білім беруді реформалау процесінде 1996 жылы кафедрада балалар аурулары пропедевтикасы кафедрасы қосылды.

Лебедева Валентина Андреевна – медицина ғылымдарының докторы, профессор, 20 жыл (1968-1989), 1952 жылы құрылған балалар аурулары пропедевтикасы кафедрасын басқарды. 1995 жылы балалар аурулары пропедевтикасы кафедрасы Балалар аурулары кафедрасына қосылды. Лебедева В.А. – ҚазКСР еңбек сіңірген қайраткері, Қазақ КСР Мемлекеттік сыйлығының лауреаты, Қазақстандағы балалар аллергологиясының негізін қалаушы. Оның жетекшілігімен 20 кандидаттық диссертация қорғалды.

1989-1996 жылдар аралығында балалық аурулар пропедевтикасы кафедрасын студент В.А. Лебедова басқарған,  Профессор Имамбаева Т.М. 2008 жылдан 2012 жылға дейін педиатрия факультетінің деканы болып жұмыс істеді. Қазіргі уақытта ҚазҰМУ №2 балалар аурулары кафедрасының профессоры.

2008 жылдан 2011 жылға дейін кафедрада медицина ғылымдарының докторы,  профессор З.Х. Мәжитованың шәкірті  – Сәрсенбаева С.С. басқарды.

2011 – 2017 оқу жылынан бастап кафедра меңгерушісі медицина ғылымдарының докторы Орынбасарова Камила Қалаубайқызы – академик Исаева Л.А. (И.М.Сеченов атындағы Мәскеудің алғашқы медициналық университеті) және профессор З.Х. Мажитова.  106 мақала мен диссертациялардың авторы, дәрігерлерге арналған 4 оқу-әдістемелік нұсқаулық, «Балалардағы кардиология», «Балалардағы өткір пневмония», «Балалардағы ауруларды емдеу» оқулығы, қазақ тілінде балалар ауруларының пропедевтикасы бойынша оқулық, монографиялар экологиялық педиатрия, клиникалық-морфологиялық синдромдар мен қоршаған ортаның ластануы бар балалардағы аурулардың атласы.

Қазіргі уақытта кафедрада 24 оқытушы және қосалқы персонал жұмыс істейді, оның ішінде 2 медицина ғылымдарының докторы: Ташенова Г.Т., Орынбасарова К.,  4 доцент – Нұрғалиева Ж.Ж., Досым С.М., Исмаилова Д.Б., Асламбекова Н.А., ассистент, медицина ғылымдарының кандидаты Сагидуллина Л.С., ассистент – медицина ғылымдарының магистрі – Сагимова Р.Ш., Ахметова Л.М., Кукембай У.К., Оразбаев Ж.А., ассистенттер – Демеуова Д.М., Новрузова Н.Б., Бокетова Б.Н., Дусанова А.К., Есимова Н.К., Баякова КТТ, Толганбаева А.А., Аманжолов Т.А., Жақсыбаева И.С., Исаева Н.Д., Жетпісбаева Н.К., Нурмаханова А.С., Сакуова Г.Н.

Кафедра қызметкерлері түрлі жылдарда денсаулық сақтау органдарына кафедраның клиникалық базасында – «Ақсай» РМКК №2, үлкен тәжірибелік және ғылыми-әдістемелік көмек көрсетті. Қазіргі кезде студенттер №2 ДГКБ және Ақсай РКББ базасында білім алуда. Кафедра ұжымы  емдеу-кеңес беру жұмыстарын  №2 ДГКБ , УК «Аксай», ҚП №8 жүргізеді.

Кафедра ұжымы Қазақстан Республикасы дәрігерлерінің әдістемелік және тәрбие жұмысына белсенді қатысады. Медицина ғылымдарының докторы Орынбасарова К.К. – 6 клиникалық хаттаманың авторы, 2013-2014 – Педиатрия бойынша клиникалық хаттамаларды әзірлеу жөніндегі жұмыс тобының төрағасы.

Кафедра қалалық емхана қызметкерлеріне (№8, №22, №31) практикалық және білім беру көмегін көрсетеді, онда пациенттердің консультативтік қабылдау және тақырыптық семинарлар ұйымдастырылады. Кафедра оқытушылары аурухананың жоспарына сәйкес дәрігерлер үшін тақырыптық ғылыми-тәжірибелік конференцияларды ұйымдастырады, кафедраның клиникалық базаларында патологиялық және анатомиялық конференциялар өткізеді.

Ғылыми-зерттеу жұмысының соңғы 5 жыл ішіндегі жетістіктері:

– студенттер мен дәрігерлерге арналған оқу-әдістемелік құралдарды шығару:

«Балалар ауруының пропедевтикасы» // Шаким Г.А., Орынбасарова К.К. және басқалары – Алматы, «Эверо», 2014 – 312 бета;

«Балалардағы өткір пневмония» // Жерносек В.Ф., Орынбасарова К.К., Батырханов Ш.К. – BeлMAПO, Минск, 2013 – 52с .;

«Балалардағы анемия. Клиника, диагностика және емдеуге заманауи тәсілдер »/ Орынбасарова К.К. – Алматы, 2012 – 36 жылдар.

– «Балалардағы ауруларды емдеу» анықтамалығы // Жерносек В.Ф., Орынбасарова К.К. және т.б. – «Адукация және Выкване» баспасы, Минск – 272с.

Болон процесінің қағидаларына сәйкес кафедра профессорлық-оқытушылық құрамның шеберлік сабақтарын оқу жоспарының шеңберінде және жетекшілік ететін кафедралардың профилін өткізді: Бірінші Мәскеу медицина университетінің балалар аурулары кафедрасының профессоры. И.М. Сеченова Голованова Н.Ю. балалар ревматологиясы бойынша; Новосібір мемлекеттік университетінің медицина факультетінің профессоры, Сібір медициналық ғылымдар академиясының Алтын медалінің иегері, Денисов М.Ю. гастроэнтерология бойынша; БeлMAПO балалар гематологиясы және онкология кафедрасының профессоры Т.К.Козарезова; Педиатрияның таңдаулы сұрақтары бойынша БелМАПО поликлиникасының бөлім меңгерушісі Жерносек В.Ф.